Con la aparición de las primeras universidades, la teología se confrontaba más directamente con otras formas de investigación y del saber científico. San Alberto Magno y santo Tomás, aun manteniendo un vínculo orgánico entre la teología y la filosofía, fueron los primeros que reconocieron la necesaria autonomía que la filosofía y las ciencias necesitan para dedicarse eficazmente a sus respectivos campos de investigación. Sin embargo, a partir de la baja Edad Media la legítima distinción entre los dos saberes se transformó progresivamente en una nefasta separación. Debido al excesivo espíritu racionalista de algunos pensadores, se radicalizaron las posturas, llegándose de hecho a una filosofía separada y absolutamente autónoma respecto a los contenidos de la fe. Entre las consecuencias de esta separación está el recelo cada vez mayor hacia la razón misma. Algunos comenzaron a profesar una desconfianza general, escéptica y agnóstica, bien para reservar mayor espacio a la fe, o bien para desacreditar cualquier referencia racional posible a la misma.
En resumen, lo que el pensamiento patrístico y medieval había concebido y realizado como unidad profunda, generadora de un conocimiento capaz de llegar a las formas más altas de la especulación, fue destruido de hecho por los sistemas que asumieron la posición de un conocimiento racional separado de la fe o alternativo a ella.
Las radicalizaciones más influyentes son conocidas y bien visibles, sobre todo en la historia de Occidente. No es exagerado afirmar que buena parte del pensamiento filosófico moderno se ha desarrollado alejándose progresivamente de la Revelación cristiana, hasta llegar a contraposiciones explícitas. En el siglo pasado, este movimiento alcanzó su culmen. Algunos representantes del idealismo intentaron de diversos modos transformar la fe y sus contenidos, incluso el misterio de la muerte y resurrección de Jesucristo, en estructuras dialécticas concebibles racionalmente. A este pensamiento se opusieron diferentes formas de humanismo ateo, elaboradas filosóficamente, que presentaron la fe como nociva y alienante para el desarrollo de la plena racionalidad. No tuvieron reparo en presentarse como nuevas religiones creando la base de proyectos que, en el plano político y social, desembocaron en sistemas totalitarios traumáticos para la humanidad.
En el ámbito de la investigación científica se ha ido imponiendo una mentalidad positivista que, no sólo se ha alejado de cualquier referencia a la visión cristiana del mundo, sino que, y principalmente, ha olvidado toda relación con la visión metafísica y moral. Consecuencia de esto es que algunos científicos, carentes de toda referencia ética, tienen el peligro de no poner ya en el centro de su interés la persona y la globalidad de su vida. Más aún, algunos de ellos, conscientes de las potencialidades inherentes al progreso técnico, parece que ceden, no sólo a la lógica del mercado, sino también a la tentación de un poder demiúrgico sobre la naturaleza y sobre el ser humano mismo.
Además, como consecuencia de la crisis del racionalismo, ha cobrado entidad el nihilismo. Como filosofía de la nada, logra tener cierto atractivo entre nuestros contemporáneos. Sus seguidores teorizan sobre la investigación como fin en sí misma, sin esperanza ni posibilidad alguna de alcanzar la meta de la verdad. En la interpretación nihilista la existencia es sólo una oportunidad para sensaciones y experiencias en las que tiene la primacía lo efímero. El nihilismo está en el origen de la difundida mentalidad según la cual no se debe asumir ningún compromiso definitivo, ya que todo es fugaz y provisional.
Por otra parte, no debe olvidarse que en la cultura moderna ha cambiado el papel mismo de la filosofía. De sabiduría y saber universal, se ha ido reduciendo progresivamente a una de tantas parcelas del saber humano; más aún, en algunos aspectos se la ha limitado a un papel del todo marginal. Mientras, otras formas de racionalidad se han ido afirmando cada vez con mayor relieve, destacando el carácter marginal del saber filosófico. Estas formas de racionalidad, en vez de tender a la contemplación de la verdad y a la búsqueda del fin último y del sentido de la vida, están orientadas —o, al menos, pueden orientarse— como « razón instrumental » al servicio de fines utilitaristas, de placer o de poder.
Desde mi primera Encíclica he señalado el peligro de absolutizar este camino, al afirmar: « El hombre actual parece estar siempre amenazado por lo que produce, es decir, por el resultado del trabajo de sus manos y más aún por el trabajo de su entendimiento, de las tendencias de su voluntad. Los frutos de esta múltiple actividad del hombre se traducen muy pronto y de manera a veces imprevisible en objeto de “alienación”, es decir, son pura y simplemente arrebatados a quien los ha producido; pero, al menos parcialmente, en la línea indirecta de sus efectos, esos frutos se vuelven contra el mismo hombre; ellos están dirigidos o pueden ser dirigidos contra él. En esto parece consistir el capítulo principal del drama de la existencia humana contemporánea en su dimensión más amplia y universal. El hombre por tanto vive cada vez más en el miedo. Teme que sus productos, naturalmente no todos y no la mayor parte, sino algunos y precisamente los que contienen una parte especial de su genialidad y de su iniciativa, puedan ser dirigidos de manera radical contra él mismo ».
En la línea de estas transformaciones culturales, algunos filósofos, abandonando la búsqueda de la verdad por sí misma, han adoptado como único objetivo el lograr la certeza subjetiva o la utilidad práctica. De aquí se desprende como consecuencia el ofuscamiento de la auténtica dignidad de la razón, que ya no es capaz de conocer lo verdadero y de buscar lo absoluto.
En este último período de la historia de la filosofía se constata, pues, una progresiva separación entre la fe y la razón filosófica. Es cierto que, si se observa atentamente, incluso en la reflexión filosófica de aquellos que han contribuido a aumentar la distancia entre fe y razón aparecen a veces gérmenes preciosos de pensamiento que, profundizados y desarrollados con rectitud de mente y corazón, pueden ayudar a descubrir el camino de la verdad. Estos gérmenes de pensamiento se encuentran, por ejemplo, en los análisis profundos sobre la percepción y la experiencia, lo imaginario y el inconsciente, la personalidad y la intersubjetividad, la libertad y los valores, el tiempo y la historia; incluso el tema de la muerte puede llegar a ser para todo pensador una seria llamada a buscar dentro de sí mismo el sentido auténtico de la propia existencia. Sin embargo, esto no quita que la relación actual entre la fe y la razón exija un atento esfuerzo de discernimiento, ya que tanto la fe como la razón se han empobrecido y debilitado una ante la otra. La razón, privada de la aportación de la Revelación, ha recorrido caminos secundarios que tienen el peligro de hacerle perder de vista su meta final. La fe, privada de la razón, ha subrayado el sentimiento y la experiencia, corriendo el riesgo de dejar de ser una propuesta universal. Es ilusorio pensar que la fe, ante una razón débil, tenga mayor incisividad; al contrario, cae en el grave peligro de ser reducida a mito o superstición. Del mismo modo, una razón que no tenga ante sí una fe adulta no se siente motivada a dirigir la mirada hacia la novedad y radicalidad del ser.
No es inoportuna, por tanto, mi llamada fuerte e incisiva para que la fe y la filosofía recuperen la unidad profunda que les hace capaces de ser coherentes con su naturaleza en el respeto de la recíproca autonomía. A la parresía de la fe debe corresponder la audacia de la razón.